ท่านอาจารย์มาร์ปะนั้นหยั่งรู้ถึงบาปกรรมในอดีตของมิลาเรปะซึ่งจะเป็นอุปสรรคสำคัญในการเติบโตทางจิตวิญญาณของเขา มาร์ปะจึงต้องสร้างบททดสอบที่ทุกข์ทรมานอย่างแสนสาหัสทั้งกายและจิตใจสำหรับศิษย์ผู้นี้อย่างไม่ผ่อนปรน มิลาเรปะถูกสั่งให้ก่อสร้างหอคอยด้วยตัวเองเพียงลำพัง และพบว่าหอคอยที่เพิ่งสร้างขึ้นด้วยความลำบากอย่างสาหัสจะต้องทำลายลงโดยไม่มีเหตุผลและเริ่มต้นสร้างขึ้นมาใหม่อีกครั้งแล้วครั้งเล่า ช่วงเวลาเนิ่นนานหลายปีที่มิลาเรปะทุ่มเททำงานหนักด้วยความรักและศรัทธาต่อพระอาจารย์ กายบาดเจ็บจากการทำงานหนักและใจก็อ่อนล้า แต่ก็ดูเหมือนความพยายามจะส่งผลแต่เพียงการถูกดูแคลนและได้รับการปฏิบัติอย่างทารุณจากมาร์ปะซึ่งไม่เป็นธรรมเอาเสียเลย ความหวังที่จะได้ศึกษาพระธรรมก็ห่างออกไปทุกทีจนมิลาเรปะรู้สึกสูญสิ้นทุกอย่าง อย่างไรก็ตามในที่สุดเมื่อบททดสอบเหล่านั้นสิ้นสุดลง มิลาเรปะก็ได้เป็นศิษย์ของพระอาจารย์มาร์ปะโดยสมบูรณ์ และจากนั้นเป็นต้นมาการปฏิบัติของมิลาเรปะก็รุดหน้าอย่างรวดเร็ว
